Reka Kokra ima vse značilnosti alpske reke in izvira v treh krakih pod Virnikovim Grintovcem na višini med 1100 in 1300 m v dolini Komatevra. Pot do izvira lahko začnemo pri zadnjem odcepu za partizansko bolnico Krtino, kjer se ob reki pričnemo vzpenjati do njenega izvira.

V naselju Spodnje Jezerko se združi z Jezernico, ki priteče iz Planšarskega jezera. Po 35 km se izliva v reko Savo in se na svoji poti spusti za kar 950 metrov nadmorske višine.